ในเกม Captain Tsubasa: Rise of New Champions จะมีโหมดเนื้อเรื่องสำหรับเล่นคนเดียวให้เลือก 2 แบบ คือ
Episode of Tsubasa ตัวละครหลักก็คือ ซึบาสะ พระเอกของเรานั่นเอง โดยใน Episode นี้ จะเป็นการบอกเล่าเรื่องราวของ ซึบาสะ และเหล่าผองเพื่อน
Episode new hero ถือว่าเป็นโหมดอิสระที่จะให้ผู้เล่นสามารถสร้างตัวละครได้เอง ทั้งรูปร่างหน้าตา, โรงเรียนที่สังกัด โดยจะมีตัวละครจากการ์ตูนมาเป็นพี่เลี้ยงให้ผู้เล่น