แต่ข้อเสียของเกม The Wonderful 101: Remastered ก็คือ ไม่สามารถใช้สองหน้าจอ บน Console ได้ ดังนั้น ทีมพัฒนาจึงมีหน้าจอเล็ก ๆ มาไว้ให้กับผู้เล่นบนหน้าจอหลัก เพราะต้องใช้ในการแก้ปริศนา ซึ่งวิธีนี้ คือ การแก้ปัญหาเฉพาะหน้า เพราะสุดท้ายแล้ว คุณสมบัติบน Console ไม่สามารถเทียบเท่า WiiU ได้
ถึงแม้รูปแบบของเกม The Wonderful 101: Remastered จะมีการปรับเปลี่ยนไป แต่ก็ไม่ใช่ว่าจะเปลี่ยนไปทั้งหมด สิ่งที่ไม็ไม่ใช่วจเปลยนไปทงหมดอดกอกยังพอมีเค้าจากค่าย Platinum games ที่เห็น ๆ นั่นคือ การใส่ Action แบบจัดเต็ม และไม่สามารถคาดการณ์อะไรได้ เช่น ผู้เล่นอาจจะต้องทำการกำจัด Boss ก่อนอย่างอื่น ซึ่งผู้พัฒนาได้จัดให้ Boss ในเกมมีขนาดใหญ่ โดยผู้เล่นจะต้องเปลี่ยนอาวุธเพื่อทำการต่อสู้ แถมการแก้ไขปริศนาก็ไม่มาก ไม่น้อย และดูมีเรื่องราวชวนค้นหามากกว่าเกมอื่น ๆ ทั่วไป